椚丘中学是一所成绩至上，提倡「高度成长教育」的理念，以创造一个能激发所有潜能的理想环境的精英学校，于是，成绩最差的学生只能被发派到资源不足的旧校舍内的3年E班，并受到全校师生的轻蔑嘲笑和差别待遇。讽刺的是，这样的一个班级，现在却关系着地球的重大未来。
号称史上最凶恶，移动速度达到20马赫，超爱甜食的生物「杀老师」将月球炸掉了七成，并扬言明年要炸掉地球，却因不明目的而担任椚丘中学3年E班的教师。就这样，身为椚丘中学放牛班的3年E班就肩负的使命，元首也为他们配送唯一可以对杀老师做成伤害的特殊制BB弹，希望学生们能在一年之内消灭杀老师，暗杀成功者独得一百亿日元报酬，协力团体共享三百亿日元报酬。
椚丘中学的3年E班，正式名称为特别强化班，通称为END之E班，通常为成绩差而被编入，虽然成绩不高，但每人都有着自己的长处和兴趣，而他们也很好地把这些用在了暗杀上，有用棒球暗杀的、制作超巨大布丁暗杀的，也有使用身体优势和人工智能的。无论是个人暗杀还是团体合作，杀老师最后都会为学生们探讨过程中的好与坏。
同样地，学生们也有着自己的烦恼，在这个E班，不用每次都从正面迎难而上，有时候避避风头躲起来也没关系，只要不违反规则，偷袭也可以，使用突破常规的武器也没关系；也要学会对自己说：「就是这样了啊，这个社会。」平复了心情之后开始思考，既然社会的洪流如此颠簸，那我该如何在其中前行呢。从一开始一集一鸡汤的帮E班吊车尾们纠正人生观，让大家在集体的暗杀中懂得扬长避短、齐心协力、耐心、毅力、对抗情绪、察言观色和最重要的。跳脱设定的古怪和不科学，这个故事本身，还有很多毫不做作的温馨感人。
「师者，所以传道、受业、解惑也。」所谓老师，除了传授专业知职外，还有传布人生的道理、解答学生疑问的责任。教育工作者，就是发现学生身上不同意义的好，在教育他们能够生存下来的能力的同时再让他们发挥所长。杀老师留给我们的，是告诉所有的教育者，就算无法做到样样过人，至少可以尽你的力去全心全意注视着你们的学生。也许，3年E班要暗杀的并不是杀老师本身，而是故事中的分数至上的腐败制度。
